Henri IV est né au château de Pau. La légende dit qu'il aurait été baptisé avec une goutte de vin de Jurançon et que son berceau était une carapace de tortue. Par la volonté de son grand-père Henri d'Albret, Henri passe sa petite enfance dans la campagne de son pays où il s'amuse avec les enfants des paysans du coin. Il grandit au château de Coarraze. Il est éduqué dans la plus grande rectitude morale. Fidèle à l'esprit de la Réforme, sa mère prend soin de l'instruire selon les préceptes de ce jugement. À la mort du roi François II en 1560, son père l'amène à la cour de France où il l'élève dans la religion catholique. Henri grandit à Saint-Germain-en-Laye aux côtés du petit roi et des princes royaux. Protégé par Renée de France durant la première guerre de religion, il reçoit après la mort de son père en 1563, les charges que celui-ci avait. Il accompagne la famille royale durant son grand tour de France. C'est à cette occasion qu'il retrouve sa mère qu'il n'avait pas vue depuis plusieurs années. Après le grand tour de France, il retourne vivre avec sa mère et retourne à la religion protestante.

En 1572, succédant à sa mère Jeanne d'Albret, Henri devient roi de Navarre sous le nom de Henri III. Certains auteurs prétendent toutefois qu'il l'aurait déjà été de manière titulaire dès 1562 (mort d'Antoine de Bourbon, roi consort) alors même que le trône de Navarre ne venait pas du côté paternel. Jeanne d'Albret était protestante, et avait élevé son fils selon cette religion. Elle avait de plus déclaré le calvinisme religion officielle en Navarre.

Le 18 août 1572, Henri est marié à Marguerite de France, soeur du roi Charles IX, aussi connue sous le nom de « reine Margot ». Ce mariage auquel s'était opposée Jeanne d'Albret, a été arrangé pour favoriser la réconciliation entre catholiques et protestants, créant un problème car Margot, étant catholique, ne peut se marier que devant un prêtre, et Henri, lui, ne peut entrer dans une église. Mais les reines mères trouvent la solution. Margot et Henri célébreront leur mariage sur le parvis de Notre-Dame. S'ensuivent dix jours de fête. Cependant, dans un climat très tendu à Paris, et suite à un attentat contre Gaspard de Coligny, le mariage est suivi quelques jours plus tard du massacre de la Saint-Barthélemy. Épargné par les massacres, Henri est contraint de se convertir au catholicisme.